Odpověď je v článku:

"U savců mají samice dva (pohlavní) chromozomy X, zatímco samci pouze jeden, druhý je pouze rudimentární chromsom Y"  - chromozom X byl pojmenován podle svých unikátních vlastností, načež byl druhý objevený chromozom Y pojmenován jakožto jeho protipól!

Laicky řečeno. chromosom Y je svými rozměry nejmenší ze všech chromosomů ssavců, tím pádem také crossing-over mezi  pohlavními chromosomy probíhá při meiose pouze na krátkém úseku na malém raménku chromosomu Y. Zbytek (95%) chromosomu Y nikdy nerekombinuje - je přítomný výhradně u ssavců samčího pohlaví.