Říká se, Beneš byl Stalinův agent. Svědčí o tom jeho aktivity, kdy přesvědčoval západní mocnosti, že ruská říše pod Stalinovým vedením prý směřuje k demokracii, velice aktivně je přesvědčoval, aby neotevíraly jihovýchodní frontu a nechaly "osvobození" střední Evropy Stalinovi, odletěl ke konci války separátně jednat se Stalinem, přestože mu to představitelé západních spojenců rozmlouvali a chtěl, aby ČSR byla jakýmsi "mostem" mezi východem a západem. Také existují zprávy, že mu byla úmyslně předhozena nějaká falešná špionážní informace, kterou se vzápětí dověděl Stalin. Nehledě na ty benešovy tzv. "dekrety", jimiž jako soukromá osoba vyvolal v naší zemi etnickou čistku a zvěrstva vůči civilním osobám.